Son 216 las especies de aves registradas que viven o están de paso en la Reserva Nacional. La mayoría de ellas, sin embargo, anidan y viven permanentemente.
Las aves más representativas son el playero blanco (Calidris alba), el flamenco (Phoenicopterus chilensis), el piquero peruano (Sula variegata), el guanay (Phalacrocorax bougainvillii), el pelicano (Pelecanus thagus), el gaviotín peruano (Sterna lorata), el zarcillo (Larosterna inca), el gaviotín elegante (Sterna elegans), el potoyunco (Pelecanoides garnotü), un ave endémica de la corriente de Humboldt y el pingüino de Humboldt (Spheníscus humboldti).
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